Los bienes muebles documentales con valor cultural propiedad de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla albergados en la Biblioteca Histórica José María Lafragua están constituidos por:
Fondos Lafragua
- Fondo de Origen
- Fondo de la Universidad
- Fondo Desamortización
- Clero regular
- Convento de Santa María del Pueblito (Querétaro, Querétaro)
- Convento de San Gabriel (Tacuba, ciudad de México)
- Convento de Santiago (Tecali, Puebla)
- Convento de San Luis Obispo (Huamantla, Tlaxcala)
- Convento de San Antonio (Texcoco, Estado de México)
- Convento de San Gabriel (Cholula, Puebla)
- Convento de San Martín (Huaquechula, Puebla)
- Convento de San Miguel (Huejotzingo, Puebla)
- Convento de San Francisco (Ciudad de México)
- Convento de San Francisco (Puebla, Puebla)
- Convento de San Francisco (Tepeapulco, Hidalgo)
- Convento de San Francisco (Totimehuacán, Puebla)
- Convento de San Cosme (Ciudad de México)
- Convento de San Diego (Ciudad de México)
- Convento de Santa María de los Ángeles (Churubusco, Ciudad de México)
- Convento de San Antonio (Puebla, Puebla)
- Colegio de Guadalupe (Zacatecas, Zacatecas)
- Convento de Santo Domingo (Puebla, Puebla)
- Convento de San Pablo (Puebla, Puebla)
- Colegio de Porta Coeli (Ciudad de México)
- Colegio de San Luis (Puebla, Puebla)
- Convento de San Agustín (Oaxaca, Oaxaca)
- Convento de San Agustín (Puebla, Puebla)
- Convento de San Miguel de las Cuevas (Chalma, Estado de México)
- Colegio de San Pablo (Ciudad de México)
- Convento de San Sebastián (Ciudad de México)
- Convento de los Remedios (Puebla, Puebla)
- Convento del Carmen (Atlixco, Puebla)
- Convento del Santo Desierto (Santa Fe, Ciudad de México)
- Convento de Santa Teresa de Jesús (Querétaro, Querétaro)
- Convento de la Merced de Puebla (Puebla, Puebla)
- Convento-Hospital de Belén (Puebla, Puebla)
- Clero secular
- Clero regular
- Fondo Legados y Donaciones