Los bienes muebles documentales con valor cultural propiedad de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla albergados en la Biblioteca Histórica José María Lafragua están constituidos por:
Fondos Lafragua
- Fondo de Origen
- Fondo de la Universidad
- Fondo Desamortización
- Clero regular
- Convento de San Francisco (Puebla, Puebla)
- Convento de San Francisco (Totimehuacán, Puebla)
- Convento de San Antonio (Puebla, Puebla)
- Convento de Santo Domingo (Puebla, Puebla)
- Convento de San Pablo (Puebla, Puebla)
- Colegio de San Luis (Puebla, Puebla)
- Convento de San Agustín (Puebla, Puebla)
- Convento de los Remedios (Puebla, Puebla)
- Convento de la Merced de Puebla (Puebla, Puebla)
- Convento-Hospital de Belén (Puebla, Puebla)
- Clero secular
- Clero regular
- Fondo Legados y Donaciones